As competências das Comissões Científicas dos Mestrados Profissionais incluem a seleção dos candidatos, de acordo com o artigo 6.º das Normas Regulamentares dos Mestrados do IPB, e a regulação do funcionamento da dissertação ou trabalho de projeto ou estágio profissional objeto de relatório final do ciclo de estudos conducente ao grau de Mestre, de acordo com os artigos 10.º a 17.º destas mesmas Normas Regulamentares.